Documents

 

 

 

Formulaires de demandes et de consentements

 

Toutes les informations pratiques concernant les prélèvements sont disponibles dans le Manuel de prélèvements des échantillons.
Un résumé des différents secteurs du laboratoire et des informations-clefs (types de pathologies qu’ils prennent en charge, types d’échantillons à envoyer, contacts, liens vers sites web) est repris dans le document Informations clefs concernant les laboratoires de Génétique de l’ULB.

 

 

  • IC consentement éclairé aux tests pangénomiques

Adulte

Mineur

Diagnostic prénatal

Consentement oncogénétique adulte

Consentement oncogénétique mineur

Consentement éclairé en vue d’une analyse génétique

 

Formulaires de demandes d’analyses

 

DémenceDemande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique pour une indication de démenceDemande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique pour une indication de démence

Intitulé Types de demande Informations
NIPT FR Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique Moléculaire, secteur héréditaire (NIPT) (tube STRECK)  FR concerne la réalisation de test prénatal non invasif (recherche de trisomies 13, 18 et 21)(via UZ VUB)
NIPT NL Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique Moléculaire, secteur héréditaire (NIPT) (tube STRECK)  NL concerne la réalisation de test prénatal non invasif (recherche de trisomies 13, 18 et 21)(via UZ VUB)
NIPT EN Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique Moléculaire, secteur héréditaire (NIPT) (tube STRECK)  EN concerne la réalisation de test prénatal non invasif (recherche de trisomies 13, 18 et 21)(via UZ VUB)
PRENATALE Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique, secteurs Cytogénétique constitutionnelle et Génétique Moléculaire héréditaire, prélèvements foetaux et parentaux concerne toutes les analyses constitutionnelles de Cytogénétique (FISH et CGH-array) et de Génétique Moléculaire (recherche de mutation de gènes par analyses ciblées ou panel de gènes multiples) pour les prélèvements foetaux et parentaux. Le consentement éclairé est lié à la demande. Cette demande concerne également certaines analyses de microbiologie et de chimie réalisées sur le liquide amniotique dispatchées par la génétique vers ces autres secteurs.
GYNECOLOGIE ET INFERTILITE Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique, secteurs Cytogénétique constitutionnelle et Génétique Moléculaire héréditaire concerne toutes les analyses constitutionnelles de Cytogénétique (FISH et CGH-array) et de Génétique Moléculaire (recherche de mutation de gènes) pour les prélèvements liés aux problèmes de la reproduction.
GENETIQUE HEREDITAIRE et PHARMACOGENETIQUE Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique, secteurs Cytogénétique constitutionnelle et Génétique Moléculaire héréditaire concerne toutes les analyses de GENETIQUE HEREDITAIRE et PHARMACOGENETIQUE  incluant les analyses constitutionnelles de Cytogénétique (FISH et CGH-array) et de Génétique Moléculaire (recherche de mutation de gènes par analyses ciblées ou panel de gènes multiples) pour les prélèvements chez l’enfant et l’adulte. Le consentement éclairé est lié à la demande.
Erfelijke genetica en farmacogenetica Aanvraagformulier voor een onderzoek, bestemd voor het Laboratorium van genetica, sectoren Constitionele Cytogenetica en Erfelijke Moleculaire Genetica Betreft alle onderzoeken van de erfelijke genetica en de farmacogenetica, met inbegrip van de constitutionele cytogenetica (FISH – CGH-array) en moleculaire genetica (onderzoek naar genmutaties door gerichte analyse of meervoudig genpanel) voor stalen van een kind en een volwassene. De geïnformeerde toestemming is verbonden aan het aanvraagformulier.
Oncogénétique Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique, secteur Génétique Moléculaire héréditaire concerne toutes les analyses d’ONCOGENETIQUE. Le consentement éclairé est lié à la demande.
Neurogénétique Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique pour une indication de neurogénétique Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique pour une indication de neurogénétique
Démence Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique pour une indication de démence Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique pour une indication de démence
Tests omiques Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique pour une indication de tests omiques Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique pour une indication de tests omiques
Verneuil Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique pour une indication de Verneuil Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique pour une indication de Verneuil
Questionnaire cancer sein/ovaire/pancréas/prostate Questionnaire
Questionnaire dyslipidémie familiale Questionnaire
Carrier Screening Couple Demande carrier screening – Couple Test BeGECS (Belgian Genetic Extended Carrier Screening)
Carrier Screening Donneur Demande carrier screening – Donneur Test BeGECS (Belgian Genetic Extended Carrier Screening) – Donneur
Carrier Screening Receveur Demande carrier screening – Receveur Test BeGECS (Belgian Genetic Extended Carrier Screening) – Don Partenaire biologique
Formulaire de demande de boîtes/pots de prélèvements ou demandes d’analyses Formulaire de demande de boîtes/pots de prélèvements ou demandes d’analyses
Formulaire de notification de maladie rare ou orpheline Formulaire de notification de maladie rare ou orpheline
Document d’accréditation Document d’accréditation Belac (scope)

 

 

Les techniques et instruments du laboratoire

 

Le centre de génétique de l’ULB a pour mission l’étude des maladies à transmission héréditaires.

Le laboratoire de génétique met un point d’honneur à fournir des résultats de qualité, en travaillant dans un environnement ISO15189.  Une partie de nos analyses sont accréditées par l’organisme BELAC (certificat d’accréditation n° 649-MED).

Le but de l’ensemble des analyses réalisées est d’aider à la prise en charge des patients consultants dans des cadres divers :

– Confirmation de diagnostic de maladies à transmission héréditaire (mucoviscidose, …)

– Recherche d’une prédisposition héréditaire à une maladie chez un patient asymptomatique suite à une histoire familiale (cancer du sein, maladies de Huntington,…)

– Recherche de portage d’une maladie dans un cadre pré-conceptionnel

– Recherche d’anomalies en cours de grossesse (diagnostic anténataux)

Pour réaliser ses missions de diagnostic génétique, le laboratoire utilise à la fois des techniques de cytogénétique et de biologie moléculaire.

Ces techniques permettent une analyse plus ou moins fine du génome qui va de la recherche d’anomalies génétiques de grande taille en étudiant les chromosomes et leurs réarrangements, en passant par la recherche de microremaniements du génome, pour finir par la recherche de modifications d’une seule base du code génétique.

Une analyse plus ou moins étendue du génome peut être réalisée grâce aux nouvelles techniques qui permettent une recherche d’anomalie parmi plusieurs milliers de gènes analysés (analyses pangénomiques), une analyse simultanée d’un ensemble de gènes (20-30 gènes), ou encore la recherche d’anomalies ciblées au niveau d’un seul gène ou d’un seul locus.

Le choix de la technique dépend du degré de résolution souhaité, du nombre d’anomalies, des régions étudiées et de leurs tailles.

 

 

Voici un aperçu des techniques utilisées au laboratoire :

 

 

Le caryotype : Le caryotype consiste en l’étude des chromosomes. C’est la plus ancienne technique d’analyse pangénomique. L’obtention de chromosomes nécessite la mise en culture de cellules en présence d’agents mitogènes, puis l’arrêt des cellules en métaphase à l’aide d’un inhibiteur du fuseau mitotique et enfin la coloration des chromosomes qui permet de leur donner une structure en bandes caractéristique. L’analyse des chromosomes permet de mettre en évidence d’éventuelles anomalies de nombre et de structure. Le niveau de résolution de cette technique est de l’ordre de 5Mb.

 

 

L’hybridation in situ en fluorescence (FISH) : La FISH est une technique d’analyse ciblée d’une ou plusieurs régions du génome. Elle repose sur la capacité de sondes d’ADN flurorescentes à s’hybrider à leurs séquences cibles spécifiques au sein même de la cellule après perméabilisation de celle-ci. La FISH peut être réalisée sur des cellules en interphases et dans ce cas elle permettra uniquement de déterminer le nombre de séquences cibles présentes dans le noyau de la cellule ou sur des cellules en métaphases et dans ce cas elle permettra en plus de déterminer la localisation de ces séquences au niveau des chromosomes. Le niveau de résolution de cette technique est de l’ordre de la centaine de kb.

 

 

L’hybridation génomique comparative sur biopuce d’ADN (CGH array) : La CGH array est une technique d’analyse permettant la détection de microdélétions et de microduplications au niveau pangénomique. Elle repose sur l’hybridation simultanée du génome d’un patient et d’un contrôle marqués à l’aide de deux fluorochromes différents sur des biopuces contenant des fragments d’ADN représentant de manière discrète la totalité du génome humain.   Le niveau de résolution de cette technique est de l’ordre de la centaine de kb sur l’entièreté du génome et présente une résolution exonique au niveau d’une sélection de gènes impliqués dans des pathologies héréditaires.

 

 

Le MLPA : Le MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) est une technique d’analyse permettant principalement la détection de délétions et de duplications d’exons de gènes ciblés (jusqu’à 50 séquences d’ADN ou d’ARN) mais aussi de mutations ponctuelles.

Cette technique consiste en une hybridation simultanée de sondes spécifiques aux exons des gènes ciblés et de sondes de référence ciblant des régions sans variation de copie. Dans un 2ème temps, une ligation ainsi qu’une PCR multiplex est réalisée afin d’amplifier les régions hybridées.

 

 

Le séquençage conventionnel SANGER : Cette technique permet de déterminer la succession des nucléotides d’un fragment d’ADN et repose sur le principe du séquençage par «dye terminator» suivie d’une électrophorèse en capillaires. Cette méthode permet l’analyse de la séquence d’un gène ou d’une partie de gène.

 

 

Les diverses techniques de PCR : La réaction PCR (Polymerase Chain Reaction) permet d’amplifier in vitro une région spécifique d’un acide nucléique donné afin d’en obtenir une quantité suffisante pour la détecter et l’étudier. Cette méthode permet l’analyse ciblée d’une variation du code génétique au sein d’un gène.

 

 

Le séquençage de nouvelle génération :

Le laboratoire dispose d’instruments à la pointe des dernières évolutions technologiques.

Le MiSeq et le NovaSeq sont des séquenceurs de nouvelle génération utilisant la méthode de séquençage par synthèse (SBS, sequencing by synthesis) qui repose sur le principe de l’ajout séquentiel des différents nucléotides composant l’ADN à étudier et réduit ainsi les problèmes de séquençages dans les régions homopolymériques (répétition successive du même nucléotide). Cette méthode est la plus utilisée en ce moment dans les laboratoires du monde entier car elle permet l’obtention de grandes quantités de données et de séquences de très haute qualité. Ce type de séquençage permet une analyse de la séquence codante d’un ensemble de gènes de manière simultanée. Le laboratoire assure en routine l’analyse de :

  • Panels comprenant plusieurs gènes connus pour être reliés à une pathologie donnée, et permettant à eux seuls d’atteindre un bon taux diagnostique (exemples : panel de fièvres récurrentes, panel de cancers héréditaires,…)
  • Exomes comprenant 20000 gènes permettant l’étude de pathologies présentant une grande hétérogénéité génétique.

Le MiSeq a l’avantage d’être le seul séquenceur de la gamme Illumina pouvant générer des séquences de 300pb mais présente un débit limité. Le NovaSeq, quant à lui, est un instrument permettant un très haut débit de séquençage ouvrant la voie aux analyses d’exomes et de génomes. Pour plus de détails techniques voir la vidéo sur le site Illumina.

Liste des panels de gènes

L’équipe est composée de

Françoise Wilkin a une formation de docteur en Sciences Biomédicales (IRIBHM-ULB-1996). Après deux post-doc, elle a travaillé pendant 15 ans, pour ChemCom, une compagnie de biotechnologie, spin-off de l’ULB, qui s’intéresse à la communication chimique. Elle travaille depuis 2016 comme coordinatrice du laboratoire de Génétique de l’ULB. Afin d’assurer la mise en œuvre d’un service diagnostique de qualité, elle coordonne l’activité du laboratoire, en assurant une utilisation coordonnée et rationnelle des ressources des sous-secteurs du laboratoire.  Elle supervise les processus pré-analytiques, analytiques et post-analytiques des secteurs. Son parcours académique et privé lui a permis d’approcher des domaines aussi variés que la génétique, la biologie moléculaire, l’endocrinologie, la pharmacologie et l’immunologie.

Xavier Peyrassol a une formation de docteur en Science Biomédicales et Pharmaceutiques (ULB-2018). Après avoir réalisé sa thèse dans le domaine de récepteurs couplés aux protéines G où il a pu approcher des domaines variés tels que la pharmacologie et la biologie moléculaire, il a intégré en janvier 2019 le laboratoire de génétique moléculaire héréditaire en tant que cadre scientifique expert. Actuellement, il occupe le poste de cadre scientifique responsable où ses tâches et activités consistent principalement en la validation de résultats d’analyses ainsi que la gestion organisationnelle, administrative et scientifique du secteur héréditaire du laboratoire.

Laurence Desmyter a une formation de docteur en Sciences Biomédicales (UCL-2012). Sa thèse, intitulée Multigenic etiology of cleft lip and palate, lui a permis d’approcher le domaine des maladies complexes et de se spécialiser dans le domaine de la génétique. Elle travaille depuis 2012 comme cadre scientifique expert au laboratoire de Génétique d’Erasme. Son travail consiste d’une part à analyser l’ADN de patients afin de répondre à une question clinique et d’autre part, de mettre-au-point de nouvelles méthodes pour améliorer les processus en cours ou diagnostiquer de nouvelles pathologies au laboratoire. Son parcours académique et professionnel lui a permis d’utiliser et de développer des technologies de pointe dans le domaine de la biologie moléculaire et de la cytogénétique. Elle occupe le poste de cadre scientifique responsable depuis janvier 2020. Ses tâches et responsabilités principales sont la gestion organisationnelle, administrative et scientifique du secteur héréditaire du laboratoire.

Catherine Rydlewski est diplômée en Sciences Biomédicales depuis 1993. Elle travaille dans le laboratoire de génétique de l’ULB depuis 1995 et occupe actuellement le poste de cadre scientifique expert . Son activité se concentre sur le diagnostic post-natal par CGH array.

Cindy Badoer a une formation de Licenciée en Sciences BioMédicales (ULB-2006). Elle a travaillé 3 ans en tant que scientifique pour la société Bone Therapeutics, spin-off de l’ULB spécialisée dans la thérapie cellulaire. Elle assure depuis 2010 une fonction de cadre scientifique expert au laboratoire de génétique moléculaire héréditaire. Elle s’emploie à la mise en application de nouvelles techniques ainsi qu’à la validation de résultats d’analyses diagnostiques.

Mélanie Delaunoy a obtenu un master en Sciences Biomédicales en 2013 et travaille au laboratoire de génétique moléculaire depuis 2014. Elle est cadre scientifique expert et s’occupe principalement de la validation technique des analyses de génétique moléculaire héréditaire.


Martina Marangoni a obtenu un diplôme de bachelier en Sciences Biologiques de l’Université Roma Tre (Italie) en 2011 et une maîtrise en Biologie avec Spécialisation en Génétique de l’Université Roma Tre (Italie) en 2014. Durant les deux années suivant son diplôme, elle a continué sa formation au Laboratoire de Génétique Médicale de l’Hôpital Universitaire Tor Vergata (Italie). Martina a rejoint le Laboratoire de Génétique Moléculaire de l’ULB en octobre 2016 en tant que doctorante et elle a obtenu son diplôme de Docteur en sciences biomédicales et pharmaceutiques en 2021. Elle travaille depuis 2020 comme cadre scientifique expert au laboratoire de génétique moléculaire héréditaire. Son activité se partage principalement entre le développement et l’interprétation des nouveaux tests génétiques.

Julie Soblet a obtenu son diplôme de Docteur en sciences biomédicales et pharmaceutiques à l’Université catholique de Louvain en 2017. Au cours de sa thèse, effectuée dans le laboratoire du Professeur M. Vikkula (Institut de Duve), ses recherches ont contribué à la caractérisation génétique de divers types de malformations veineuses. Ensuite, à partir de février 2015, elle a travaillé une année dans le cadre du projet BridegIRIS (INNOVIRIS) avant d’être engagée comme Bio-ingénieure à l’HUDERF. Son activité, en tant que cadre scientifique expert, consiste à analyser les données de séquençage à haut débit afin d’y identifier les causes des maladies génétiques pédiatriques et à développer de nouveaux tests génétiques (principalement en neuro-pédiatrie). De plus, elle assume le rôle de référente informatique pour les pipelines exomes et génomes.

Lucie Evenepoel a obtenu son diplôme de Docteur en sciences biomédicales et pharmaceutiques à l’Université catholique de Louvain en 2018. Au cours de sa thèse, effectuée dans le laboratoire du Professeur M. Vikkula (Institut de Duve), sous la direction du Professeur A. Persu (Cliniques universitaires Saint-Luc et Institut de Recherche Expérimentale et Clinique), ses recherches ont contribué à la caractérisation génétique des paragangliomes (caractérisation de mutations somatiques et recherche de biomarqueurs permettant de prédire leur malignité). Elle est cadre scientifique expert et s’occupe principalement de l’analyse de données de séquençage à haut débit afin d’identifier les causes de certaines maladies génétiques.

Christine Hans est licenciée en Biologie avec un DES en Biologie Moléculaire et un DEA en Cytogénétique. Elle occupe actuellement le poste de cadre scientifique responsable, spécialisée dans la cytogénétique conventionnelle. Elle est reconnue depuis 2012 Medical Genetic Laboratory Supervisor par la BESHG (Belgian Society of Human Genetic) et est certifiée European Board of Medical Genetics depuis 2015. Ses activités en cytogénétique se concentrent  principalement sur les caryotypes chromosomiques, les cultures cellulaires, les analyses de CGH-array dans le domaine de l’infertilité  mais aussi sur le développement de nouvelles méthodes de détection de variants structuraux par le biais de technologies utilisant des ADN Longs Reads.

Bruno Pichon a une formation de docteur en Sciences Chimiques (IRIBHM-ULB-1998). Après avoir travaillé comme chercheur au sein de l’IBMM, il a intégré le Laboratoire de cytogénétique conventionnelle de l’ULB en 2002.  Il a obtenu sa reconnaissance comme « Medical Genetics Laboratory Supervisor » par la « Belgian Society of Human Genetics » en 2012 et par le « European Board of Medical Genetics »  en 2015. Ses activités en cytogénétique sont centrées principalement sur le diagnostic prénatal et le diagnostic préimplantatoire par CGH array et par FISH.  Il est impliqué dans des activités de mise au point et de recherche et développement au sien du laboratoire.  Il est qualifié comme auditeur interne.