Documents

 

 

 

Formulaires de demandes et de consentements

 

Toutes les informations pratiques concernant les prélèvements sont disponibles dans le Manuel de prélèvements des échantillons.
Un résumé des différents secteurs du laboratoire et des informations-clefs (types de pathologies qu’ils prennent en charge, types d’échantillons à envoyer, contacts, liens vers sites web) est repris dans le document Informations clefs concernant les laboratoires de Génétique de l’ULB.

 

 

  • IC consentement éclairé aux tests pangénomiques

Adulte

Mineur

Diagnostic prénatal

Consentement oncogénétique adulte

Consentement oncogénétique mineur

Consentement éclairé en vue d’une analyse génétique

 

Formulaires de demandes d’analyses

 

Intitulé Types de demande Informations
NIPT FR Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique Moléculaire, secteur héréditaire (NIPT) (tube STRECK)  FR concerne la réalisation de test prénatal non invasif (recherche de trisomies 13, 18 et 21)
NIPT NL Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique Moléculaire, secteur héréditaire (NIPT) (tube STRECK)  NL concerne la réalisation de test prénatal non invasif (recherche de trisomies 13, 18 et 21)
NIPT EN Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique Moléculaire, secteur héréditaire (NIPT) (tube STRECK)  EN concerne la réalisation de test prénatal non invasif (recherche de trisomies 13, 18 et 21)
PRENATALE Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique, secteurs Cytogénétique constitutionnelle et Génétique Moléculaire héréditaire, prélèvements foetaux et parentaux concerne toutes les analyses constitutionnelles de Cytogénétique (FISH et CGH-array) et de Génétique Moléculaire (recherche de mutation de gènes par analyses ciblées ou panel de gènes multiples) pour les prélèvements foetaux et parentaux. Le consentement éclairé est lié à la demande. Cette demande concerne également certaines analyses de microbiologie et de chimie réalisées sur le liquide amniotique dispatchées par la génétique vers ces autres secteurs.
GYNECOLOGIE ET FERTILITE Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique, secteurs Cytogénétique constitutionnelle et Génétique Moléculaire héréditaire concerne toutes les analyses constitutionnelles de Cytogénétique (FISH et CGH-array) et de Génétique Moléculaire (recherche de mutation de gènes) pour les prélèvements liés aux problèmes de la reproduction.
GENETIQUE HEREDITAIRE et PHARMACOGENETIQUE Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique, secteurs Cytogénétique constitutionnelle et Génétique Moléculaire héréditaire concerne toutes les analyses de GENETIQUE HEREDITAIRE et PHARMACOGENETIQUE  incluant les analyses constitutionnelles de Cytogénétique (FISH et CGH-array) et de Génétique Moléculaire (recherche de mutation de gènes par analyses ciblées ou panel de gènes multiples) pour les prélèvements chez l’enfant et l’adulte. Le consentement éclairé est lié à la demande.
BRCA germinal Demande pour une analyse destinée au Laboratoire de Génétique, secteurs Cytogénétique constitutionnelle et Génétique Moléculaire héréditaire concerne toutes les analyses de GENETIQUE HEREDITAIRE et PHARMACOGENETIQUE  incluant les analyses constitutionnelles de Cytogénétique (FISH et CGH-array) et de Génétique Moléculaire (recherche de mutation de gènes par analyses ciblées ou panel de gènes multiples) pour les prélèvements chez l’enfant et l’adulte. Le consentement éclairé est lié à la demande.
BRCA somatique Demande pour une analyse BRCA sur tissu tumoral concerne les analyses réalisées dans le cadre de carcinomes séreux de haut grade ovarien / tubaire / péritonéal primitive, même en l’absence d’histoire familiale de cancer, en vue de permettre un remboursement du traitement par un inhibiteur de PARP OU dans le cadre d’un cancer prostatique de haut grade (métastatique d’emblée ou en récidive biologique).
Formulaire BRCA Questionnaire
BOITES / TUBES Formulaire de demande de boîtes/tubes de prélèvements ou demandes d’analyses Cytogénétique

 

 

Les techniques et instruments du laboratoire

 

Le centre de génétique de l’ULB a pour mission l’étude des maladies à transmission héréditaires.

Le laboratoire de génétique met un point d’honneur à fournir des résultats de qualité, en travaillant dans un environnement certifié ISO15189 et accrédité par BELAC.

Le but de l’ensemble des analyses réalisées est d’aider à la prise en charge des patients consultants dans des cadres divers :

– Confirmation de diagnostic de maladies à transmission héréditaire (mucoviscidose, …)

– Recherche d’une prédisposition héréditaire à une maladie chez un patient asymptomatique suite à une histoire familiale (cancer du sein, maladies de Huntington,…)

– Recherche de portage d’une maladie dans un cadre pré-conceptionnel

– Recherche d’anomalies en cours de grossesse (diagnostic anténataux)

Pour réaliser ses missions de diagnostic génétique, le laboratoire utilise à la fois des techniques de cytogénétique et de biologie moléculaire.

Ces techniques permettent une analyse plus ou moins fine du génome qui va de la recherche d’anomalies génétiques de grande taille en étudiant les chromosomes et leurs réarrangements, en passant par la recherche de microremaniements du génome, pour finir par la recherche de modifications d’une seule base du code génétique.

Une analyse plus ou moins étendue du génome peut être réalisée grâce aux nouvelles techniques qui permettent une recherche d’anomalie parmi plusieurs milliers de gènes analysés (analyses pangénomiques), une analyse simultanée d’un ensemble de gènes (20-30 gènes), ou encore la recherche d’anomalies ciblées au niveau d’un seul gène ou d’un seul locus.

Le choix de la technique dépend du degré de résolution souhaité, du nombre d’anomalies, des régions étudiées et de leurs tailles.

 

 

Voici un aperçu des techniques utilisées au laboratoire :

 

 

Le caryotype : Le caryotype consiste en l’étude des chromosomes. C’est la plus ancienne technique d’analyse pangénomique. L’obtention de chromosomes nécessite la mise en culture de cellules en présence d’agents mitogènes, puis l’arrêt des cellules en métaphase à l’aide d’un inhibiteur du fuseau mitotique et enfin la coloration des chromosomes qui permet de leur donner une structure en bandes caractéristique. L’analyse des chromosomes permet de mettre en évidence d’éventuelles anomalies de nombre et de structure. Le niveau de résolution de cette technique est de l’ordre de 5Mb.

 

 

L’hybridation in situ en fluorescence (FISH) : La FISH est une technique d’analyse ciblée d’une ou plusieurs régions du génome. Elle repose sur la capacité de sondes d’ADN flurorescentes à s’hybrider à leurs séquences cibles spécifiques au sein même de la cellule après perméabilisation de celle-ci. La FISH peut être réalisée sur des cellules en interphases et dans ce cas elle permettra uniquement de déterminer le nombre de séquences cibles présentes dans le noyau de la cellule ou sur des cellules en métaphases et dans ce cas elle permettra en plus de déterminer la localisation de ces séquences au niveau des chromosomes. Le niveau de résolution de cette technique est de l’ordre de la centaine de kb.

 

 

L’hybridation génomique comparative sur biopuce d’ADN (CGH array) : La CGH array est une technique d’analyse permettant la détection de microdélétions et de microduplications au niveau pangénomique. Elle repose sur l’hybridation simultanée du génome d’un patient et d’un contrôle marqués à l’aide de deux fluorochromes différents sur des biopuces contenant des fragments d’ADN représentant de manière discrète la totalité du génome humain.   Le niveau de résolution de cette technique est de l’ordre de la centaine de kb sur l’entièreté du génome et présente une résolution exonique au niveau d’une sélection de gènes impliqués dans des pathologies héréditaires.

 

 

Le MLPA : Le MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) est une technique d’analyse permettant principalement la détection de délétions et de duplications d’exons de gènes ciblés (jusqu’à 50 séquences d’ADN ou d’ARN) mais aussi de mutations ponctuelles.

Cette technique consiste en une hybridation simultanée de sondes spécifiques aux exons des gènes ciblés et de sondes de référence ciblant des régions sans variation de copie. Dans un 2ème temps, une ligation ainsi qu’une PCR multiplex est réalisée afin d’amplifier les régions hybridées.

 

 

Le séquençage conventionnel SANGER : Cette technique permet de déterminer la succession des nucléotides d’un fragment d’ADN et repose sur le principe du séquençage par «dye terminator» suivie d’une électrophorèse en capillaires. Cette méthode permet l’analyse de la séquence d’un gène ou d’une partie de gène.

 

 

Les diverses techniques de PCR : La réaction PCR (Polymerase Chain Reaction) permet d’amplifier in vitro une région spécifique d’un acide nucléique donné afin d’en obtenir une quantité suffisante pour la détecter et l’étudier. Cette méthode permet l’analyse ciblée d’une variation du code génétique au sein d’un gène.

 

 

Le séquençage de nouvelle génération :

Le laboratoire dispose d’instruments à la pointe des dernières évolutions technologiques via notre plateforme BRIGHTcore.

Le MiSeq et le NovaSeq sont des séquenceurs de nouvelle génération utilisant la méthode de séquençage par synthèse (SBS, sequencing by synthesis) qui repose sur le principe de l’ajout séquentiel des différents nucléotides composant l’ADN à étudier et réduit ainsi les problèmes de séquençages dans les régions homopolymériques (répétition successive du même nucléotide). Cette méthode est la plus utilisée en ce moment dans les laboratoires du monde entier car elle permet l’obtention de grandes quantités de données et de séquences de très haute qualité. Ce type de séquençage permet une analyse de la séquence codante d’un ensemble de gènes de manière simultanée. Le laboratoire assure en routine l’analyse de :

  • panels comprenant plusieurs gènes connus pour être reliés à une pathologie donnée, et permettant à eux seuls d’atteindre un bon taux diagnostique (exemples : panel de fièvres récurrentes, panel de microcéphalie, panel de cancers héréditaires,…)
  • exomes cliniques (ou mendeliome) comprenant >3500 gènes permettant l’étude de pathologies présentant une grande hétérogénéité génétique.

Le MiSeq a l’avantage d’être le seul séquenceur de la gamme Illumina pouvant générer des séquences de 300pb mais présente un débit limité. Le NovaSeq, quant à lui, est un instrument permettant un très haut débit de séquençage ouvrant la voie aux analyses d’exomes et de génomes. Pour plus de détails techniques voir la vidéo sur le site Illumina.

Liste des panels de gènes

L’équipe est composée de

Françoise Wilkin a une formation de docteur en Sciences Biomédicales (IRIBHM-ULB-1996). Après deux post-doc, elle a travaillé pendant 15 ans, pour ChemCom, une compagnie de biotechnologie, spin-off de l’ULB, qui s’intéresse à la communication chimique. Elle travaille depuis 2016 comme coordinatrice du laboratoire de Génétique de l’ULB. Afin d’assurer la mise en œuvre d’un service diagnostique de qualité, elle coordonne l’activité du laboratoire, en assurant une utilisation coordonnée et rationnelle des ressources des sous-secteurs du laboratoire.  Elle supervise les processus pré-analytiques, analytiques et post-analytiques des secteurs. Son parcours académique et privé lui ont permis d’approcher des domaines aussi variés que la génétique, la biologie moléculaire, l’endocrinologie, la pharmacologie et l’immunologie.

Catherine Rydlewski est diplômée en Sciences Biomédicales depuis 1993. Elle travaille dans le laboratoire de génétique de l’ULB depuis 1995 et occupe actuellement le poste de cadre scientifique responsable. Ses tâches et responsabilités principales sont la gestion organisationnelle, administrative et scientifique du secteur héréditaire du laboratoire.

Laurence Desmyter a une formation de docteur en Sciences Biomédicales (UCL-2012). Sa thèse, intitulée Multigenic etiology of cleft lip and palate, lui a permis d’approcher le domaine des maladies complexes et de se spécialiser dans le domaine de la génétique. Elle travaille depuis 2012 comme cadre scientifique expert au laboratoire de Génétique d’Erasme. Son travail consiste d’une part à analyser l’ADN de patients afin de répondre à une question clinique et d’autre part, de mettre-au-point de nouvelles méthodes pour améliorer les processus en cours ou diagnostiquer de nouvelles pathologies au laboratoire. Son parcours académique et professionnel lui a permis d’utiliser et de développer des technologies de pointe dans le domaine de la biologie moléculaire et de la cytogénétique.

Cindy Badoer a une formation de Licenciée en Sciences BioMédicales (ULB-2006). Elle a travaillé 3 ans en tant que scientifique pour la société Bone Therapeutics, spin-off de l’ULB spécialisée dans la thérapie cellulaire. Elle assure depuis 2010 une fonction de cadre scientifique expert au laboratoire de génétique moléculaire héréditaire. Elle s’emploie à la mise en application de nouvelles techniques ainsi qu’à la validation de résultats d’analyses diagnostiques.

Mélanie Delaunoy a obtenu un master en Sciences Biomédicales en 2013 et travaille au laboratoire de génétique moléculaire depuis 2014. Elle est cadre scientifique expert et s’occupe principalement de la validation technique des analyses de génétique moléculaire héréditaire.

Julie Soblet a obtenu son diplôme de Master en Bio-ingénieur, orientation chimie et bio-industries à l’Université catholique de Louvain en 2003. Au cours de sa seconde année de Master, elle a effectué son mémoire dans le laboratoire du Professeur M. Vikkula (Institut de Duve) sur la caractérisation génétique des malformations veineuses. Elle a ensuite poursuivi ses recherches sur ce sujet au cours de sa thèse de doctorat, puis a travaillé une année dans le cadre du projet BridegIRIS (INNOVIRIS) avant d’être engagée comme Bio-ingénieure à l’HUDERF. Son activité, en tant que cadre scientifique expert, consiste à analyser les données de séquençage à haut débit afin d’y identifier les causes des maladies génétiques pédiatriques et à développer de nouveaux tests génétiques (principalement en neuro-pédiatrie).

Christine Hans est licenciée en Biologie avec un DES en Biologie Moléculaire et un DEA en Cytogénétique. Spécialisée dans la cytogénétique conventionnelle, elle est reconnue depuis 2012 Medical Genetic Laboratory Supervisor par la BESHG (Belgian Society of Human Genetic) et est certifiée European Board of Medical Genetics  depuis 2015. Ses activités en cytogénétique sont principalement: les caryotypes chromosomiques, les cultures cellulaires et les analyses de CGH array dans le domaine de l’infertilité.

Bruno Pichon a une formation de docteur en Sciences Chimiques (IRIBHM-ULB-1998). Après avoir travaillé comme chercheur au sein de l’IBMM, il a intégré le Laboratoire de cytogénétique conventionnelle de l’ULB en 2002.  Il a obtenu sa reconnaissance comme « Medical Genetics Laboratory Supervisor » par la « Belgian Society of Human Genetics » en 2012 et par le « European Board of Medical Genetics »  en 2015. Ses activités en cytogénétique sont centrées principalement sur le diagnostic prénatal et le diagnostic préimplantatoire par CGH array et par FISH.  Il est impliqué dans des activités de mise au point et de recherche et développement au sien du laboratoire.  Il est qualifié comme auditeur interne.

Nicolas Lufin est Master en Biochimie et Biologie cellulaire et moléculaire (FUNDP – 2011). Après un travail de recherche en protéomique pour le Télévie, il intègre le centre de génétique de l’ULB en 2013 comme cadre scientifique expert en cytogénétique. Son activité se concentre alors sur le diagnostic post-natal par CGH array. Il occupe également la fonction de responsable informatique et il développe et entretient les systèmes d’information du laboratoire. En tant que collaborateur scientifique de la faculté de médecine, il collabore, depuis 2016, avec l’Institut de Bioinformatique de Bruxelles (IB²) dans le développement d’outils bioinformatiques pour les NGS. Enfin, il est qualifié comme auditeur interne.